Le Syndicat national des agriculteurs est organisé au niveau régional. Chaque région tient un congrès annuel au cours duquel les dirigeants régionaux sont élus et les résolutions proposées par les membres de la région sont débattues. Les résolutions adoptées au niveau régional sont ensuite débattues et votées lors du congrès national annuel. Un membre du conseil d'administration de chaque région agit à titre de coordonnateur régional. La région 2 comprend la province de Québec. La région NFU 2 est actuellement inactive.